لدى الوزارة العديد من المبادئ الحاكمة التي تعمل بها وعليها وهي:  الفصل في المهام بين واضع السياسة والإستراتيجية (الحكومة المركزية)       المنفذ (المحليات) المنظم والمراقب فصل السلطة التنفيذية بالمحافظات عن المجالس المحلية – إعطاء المجالس دور رقابي إلغاء التعدد والتضارب في المهام (بالتنسيق / بالتعاون / بالاشتراك) اعتماد التخصص في تحديد تبعية المهام فصل الوحدات الإنتاجية والخدمية التركيز على المهام المحورية وشراء الخدمات المساعدة (خدمة معاونة – حرفيين "صيانة" )  التقسيم القطاعي للوظائف (مكتبيين - مدرسين – أطباء – تخصصيين – فنيين) التحول إلى العمل بنظام الهياكل الديناميكية (نظام المشاريع والبرامج) بدلا من الهياكل الجامدةالسماح بتعدد الهياكل النمطية بحسب النشاط   إدخال نظم الموازنة بالأداء تفعيل مشاركة وتعظيم دور المجتمع المدني الاستثمار في العنصر البشري الاستثمار في القيم والثقافة