التطوير التنظيمي لأمانة المجلس الأعلى للجامعات في إطار اهتمام المجلس الأعلى للجامعات، التابع لوزارة التعليم العالي، بنظم إدارة الجودة الشاملة وسعيه للحصول على شهادة الأيزو 9001 : 2008، فقد قام برنامج التطوير المؤسسي بالاستعانة بخبير متخصص لوضع نظام متكامل للجودة الشاملة بالمجلس، وفي هذا الإطار تم الانتهاء من الأعمال الآتية:  تدريب السادة العاملين بالمجلس على نظام إدارة الجودة الشاملة إعداد سياسات وأهداف نظام إدارة الجودة الشاملة تنظيم برامج توعية وتدريب لكوادر المجلس تحليل وتوثيق عمليات وإجراءات نظام إدارة الجودة والبيئة والسلامة والصحة المهنية التخطيط والتنفيذ لبرنامج المراجعات الداخلية واتخاذ الإجراءات التصحيحية والوقائية المناسبة التسجيل والاعتماد لنظام إدارة الجودة والبيئة والسلامة والصحة المهنية بواسطة الجهة المانحة وكان من نتائج هذا المشروع الهام حصول المجلس على شهادة الأيزو 9001 : 2008. إعادة هيكلة جامعة بني سويف في إطار للاهتمام الذي توليه جامعة بني سويف بتحديث الهيكل التنظيمي  نظرا للمتغيرات المتلاحقة في مجال التعليم الجامعي، فقد قام فريق متخصص من البرنامج بمساعدة الجامعة في مراجعة هيكل العمالة واقتراح الاحتياجات التدريبية اللازمة للعاملين، وقد تم الانتهاء من الأعمال الآتية: وضع هيكل تنظيمي مقترح وضع وتحديث بطاقات الوصف الوظيفي لجميع الوظائف بالجامعة إعادة هيكلة مستشفى المعهد القومي للأورام تم الانتهاء من إعداد لوائح مالية والإدارية للمستشفى.